Pengadilan Agama di Provinsi Bengkulu sebelum adanya Pengadilan Tingkat Banding berada dalam yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Palembang. Namun, jarak yang jauh antara Bengkulu dan Palembang membuat proses pemeriksaan kasus di tingkat banding menjadi lambat dan mahal. Hal ini membuat prinsip peradilan yang sederhana, cepat, dan biaya ringan sulit tercapai.
Pada tahun 1995, berdasarkan Undang-Undang Nomor 3 Tahun 1995, Pengadilan Tinggi Agama Bengkulu didirikan. Wilayah hukumnya mencakup Provinsi Bengkulu yang terletak antara 20 118 – 400 30 LS dan 1010 – 1040 BT, dengan luas wilayah 19.813 km2. Provinsi Bengkulu memiliki garis pantai terluas di Asia Tenggara, mencapai 9.000 km2. Pengadilan Tinggi Agama Bengkulu terdiri dari tiga Kabupaten dan satu Kotamadya, di mana setiap daerah tersebut memiliki Pengadilan Agama sendiri.
Sejak berdirinya Pengadilan Tinggi Agama Bengkulu, telah terjadi beberapa pergantian kepemimpinan. Pembangunan fisik juga dilakukan untuk memperluas fasilitas gedung pengadilan dan rumah dinas pejabat. Pada tahun 2009, gedung pengadilan diperluas menjadi 1.376 m2, dan rumah jabatan Ketua serta Wakil Ketua juga dibangun. Selain itu, telah ada pembangunan tujuh unit perumahan untuk Hakim Tinggi.
Selain pengembangan Pengadilan Tinggi Agama, juga telah dilakukan pembangunan gedung Pengadilan Agama di beberapa daerah, seperti Arga Makmur, Curup, dan Manna. Pada tahun 2009, Pengadilan Agama Arga Makmur dan Curup ditingkatkan menjadi kelas I B. Namun, Pengadilan Agama Manna belum mendapatkan peningkatan dan akan diusulkan kembali pada tahun anggaran berikutnya.